Siniša Karan rođen je u naselju Grabovac, u općini Čeminac, blizu Belog Manastira u susjednoj Hrvatskoj, 17. maja 1962.
Osnovnu školu i srednju školu završio je u Kupresu. Diplomirao je političke nauke na Univerzitetu u Sarajevu, a magistrirao pravo na Univerzitetu u Banjoj Luci, gdje je i doktorirao. Redovni je profesor na dva privatna pravna fakulteta, na Panevropskom univerzitetu Apeiron u Banjoj Luci i Nezavisnom univerzitetu Banja Luka.
Od 1985. do 2008. služio je kao policajac. Bio je komandir stanice milicije u Kupresu, nakon toga sekretar MUP-a u Kupresu, načelnik Kriminalističkog odjeljenja za Centar (Sarajevo), a kasnije i načelnik Ureda za sprečavanje kriminala u Ministarstvu unutrašnjih poslova Republike Srpske.
Također je bio načelnik Odjela za kriminalističke istrage Državne agencije za istrage i zaštitu (SIPA) i načelnik Odjela za finansijsko-obavještajne poslove. Od 2008. bio je savjetnik predsjednika bh. entiteta Republika Srpska za sigurnost, a od 2009. do 2019. njegov generalni sekretar. Od januara 2019. bio je generalni sekretar Vlade Republike Srpske.
Dana 21. decembra 2022. postao je ministar unutrašnjih poslova Republike Srpske, a 2. septembra 2025. imenovan je za ministra naučnotehnološkog razvoja i visokog obrazovanja Republike Srpske.
Američke informacije potvrđuju da on aktivno radio na razbijanju Bosne i Hercegovine.
Karan je bio predsjednik komisije za sprovođenje referenduma o 9. januaru kao Danu Republike. Nelegalni referendum je sproveden 25. septembra 2016. godine. To je potvrdio Ustavni sud BiH koji je dva puta proglasio neustavnim Dan RS-a.
Uprkos činjenici da je bio šef za sprovođenje referenduma i da je Tužilaštvo BiH podiglo optužnicu protiv njega, kao osumnjičenog, i još nekoliko osoba, nije osuđen. Karan je oslobođen što mu je dalo vjetar u leđa da nastavi s provođenjem plana secesije.
U julu 2017. godine sudac za prethodno saslušanje Suda BiH odbio je optužnicu Tužilaštva BiH, kojom su optuženi Siniša Karan, Dragoljub Reljić, Goran Zmijanac i Milan Petković zbog krivičnog djela “Neizvršenja odluke Ustavnog suda BiH o privremenoj mjeri kojom se privremeno obustavlja primjena Odluke o raspisivanju referenduma o 9. januaru kao Danu Republike Srpske.”
Karan je decenijama profesionalno vezan za policiju ali i za obavještajne strukture.